アイヌ語の「トンナイ」に由来するなど、いくつかの説があります。また、｢トネ｣の語源についてもいくつかの説があります｡
(1)アイヌ語で、巨大な谷を意味する「トンナイ」に由来する。
(2)同じアイヌ語で、沼や湖のように広くて大きい川を意味する。
(3)水源地の辺りには、尖った峰、すなわち利き峰が多く、それが略されたものである。
(4)等禰直（トネノアタイ）あるいは、椎根津彦（シイネ（＝トネ）ツヒコ）という人名に由来する。
(5)水源の大水上山の別称、刀嶺岳、刀根岳、大刀嶺岳に由来する。
などですが、定説はありません。
なお、利根川の名称が出てくる最初の文献『万葉集』には､｢刀禰（トネ）｣と記されています｡
また、利根川は、坂東太郎とも呼ばれ、これは坂東、すなわち関東で最も大きい川であり、日本の川の長男、つまり日本の川の代表であることを意味しています。
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