台風1６号による影響が無くなり、利根川下流河川事務所管内の各水位観測所において、今後降雨による水位上昇の見込みがなくなったため、利根川下流風水害対策支部は、平成28年９月２２日３時00分に注意体制を解除し支部を解散する。
台風16号の接近に伴い、利根川下流域において被害が発生する恐れがあるため利根川下流河川事務所は、平成28年9月20日17時00分に利根川下流風水害対策支部を設置し、【注意体制】に入る。