関東地方災害対策本部は、台風16号による施設点検の結果、異常が無く管内支部の体制が全て解除になったため、平成28年9月25日2時00分に風水害対策本部を廃止し、注意体制を解除しました。
関東地方整備局災害対策本部は、台風16号の影響により、管内の港湾空港支部の2支部が注意体制に入ったため、平成28年9月20日15時00分に風水害対策本部を設置し、注意体制に入りました。